1945. március 4-én Szombathelyet és a székesegyházat is súlyos bombázás döntötte romokba. Hazánk püspöki székesegyházai közül ezt érte a legnagyobb csapás. Az amerikai légierő pusztítása leírhatatlan volt.
A templom homlokzatának felső része előredőlt, szobordíszei lezuhantak. A tető és a hajó boltozata beomlott. A belső díszítésből csak kevés maradt meg a szentélyben, és a tetőboltozat helyén is hatalmas lyuk tátongott. A művészi fal és a mennyezetfreskók a robbanások okozta rendkívül erős légnyomás következtében mind megsemmisültek, mint ahogy az oszlopokat díszítő márványburkolat is leomlott…
A város, a megye és az állami szervek pénzbeli segélyének köszönhetően rövid idő alatt újjáépült a templom.
A székesegyházat 1947. szeptember 7-én Vas megye szülötte és a Szombathelyi Egyházmegye egykori papja, Mindszenty József bíboros, hercegprímás (1892–1975) szentelte fel, közvetlenül a főpapi szentmise előtt.
Mindszenty József templomszentelésen viselt palástja a Szombathelyi Egyházmegye jóvoltából megtekinthető egész júliusban a Mindszentyneum földszinti vitrinjében.
